Doit son nom au Märkisches Museum voisin, maison mère du Stadtmuseum Berlin.
Le musée fut fondé en 1874 sous le nom de Märkisches Provinzialmuseum ; ses collections retraçaient l’histoire de la Marche de Brandebourg (« märkisch »). La station ouvrit en 1913 sous le nom d’Inselbrücke et prit celui du musée en 1935, à l’initiative de son directeur, Walter Stengel.