Nommée d’après la 125th Street ; ce tronçon s’appelait autrefois Manhattan Street.
La station s’appelait autrefois Manhattan Street. Le village de Manhattanville, fondé en 1806, s’est développé au croisement de la Bloomingdale Road et de Manhattan Street, à peu près l’actuel carrefour de Broadway et de la 125th Street. Vers 1920 ou 1921 (les sources divergent), la 125th Street a été déviée sur Manhattan Street, et en 1921 la station a été rebaptisée à la demande de la Harlem Board of Commerce.