Benannt nach der 125th Street; dieser Abschnitt hieß einst Manhattan Street.
Die Station hieß früher Manhattan Street. Das 1806 gegründete Dorf Manhattanville wuchs dort, wo die Bloomingdale Road auf die Manhattan Street traf, etwa am heutigen Broadway Ecke 125th Street. Um 1920 oder 1921 (die Quellen weichen ab) wurde die 125th Street auf die Manhattan Street verlegt, und 1921 wurde die Station auf Wunsch des Harlem Board of Commerce umbenannt.