Benannt nach dem Brooklyn Botanic Garden, zwei Blocks entfernt.
Der Staat reservierte 1897 Land für den Garten, der im Mai 1911 auf einer ehemaligen Aschedeponie eröffnete. Die erste Station hier, 1902 von der Consumers Park Brewery eröffnet, hieß Consumers Park. Ende 1919 wurde sie in Botanic Garden umbenannt, und die heutige Station übernahm den Namen, als sie 1928 die alte ersetzte.