Nommée d'après le jardin botanique de Brooklyn, à deux rues de là.
L'État réserva un terrain pour le jardin en 1897, et celui-ci ouvrit en mai 1911 sur l'emplacement d'une décharge de cendres. La première station, ouverte ici en 1902 par la brasserie Consumers Park, s'appelait Consumers Park. Elle fut rebaptisée Botanic Garden à la fin de 1919, et la station actuelle reprit ce nom en la remplaçant en 1928.