Nommée d'après la rue Censier et la rue Daubenton.
« Censier » vient de « rue Sans Chef », c'est-à-dire cul-de-sac, car la rue était autrefois une impasse. La rue Daubenton honore le naturaliste Louis Jean-Marie Daubenton (1716-1799), collaborateur de Buffon pour son Histoire naturelle et premier directeur du Muséum national d'histoire naturelle.