Benannt nach dem deutschen Dichter Heinrich Heine.
Joseph II. ließ diese Allee 1781 zwischen Augarten und Prater anlegen. Am 6. November 1919 wurde sie nach Heinrich Heine (1797–1856) benannt; vorher hieß sie Kaiser-Josef-Straße. Am 9. Dezember 1938 benannten die Nationalsozialisten sie in Schönererstraße um, am 27. April 1945 wurde sie wieder zur Heinestraße. Im Haus Nummer 27 wuchs die Physikerin Lise Meitner auf.