Benannt nach der Brooklyn Bridge und dem New Yorker Rathaus, beide gleich neben der Station.
Die Brücke wurde 1883 als New York and Brooklyn Bridge oder East River Bridge eröffnet und 1915 offiziell in Brooklyn Bridge umbenannt. Das Rathaus, erbaut von 1803 bis 1812, ist das älteste Rathaus der USA, das noch seine ursprünglichen Regierungsaufgaben beherbergt. Die Station wurde 1904 als Brooklyn Bridge eröffnet und spätestens Mitte der 1990er-Jahre in Brooklyn Bridge–City Hall umbenannt.