Nommée d’après le pont de Brooklyn et l’hôtel de ville de New York, tous deux voisins de la station.
Le pont ouvrit en 1883 sous le nom de New York and Brooklyn Bridge, ou East River Bridge, et fut officiellement rebaptisé Brooklyn Bridge en 1915. L’hôtel de ville, construit de 1803 à 1812, est le plus ancien des États-Unis à abriter encore ses fonctions gouvernementales d’origine. La station ouvrit en 1904 sous le nom de Brooklyn Bridge et devint Brooklyn Bridge–City Hall au plus tard au milieu des années 1990.